对网站的代码进行检查，检查是否被黑客放置了网页木马和ASP木马、网站代码中是否有后门程序。

对网站代码安全性进行检查，检查是否存在SQL注入漏洞、上传文件漏洞等常见的危害站点安全的漏洞。

对服务器操作系统的日志进行分析，检查系统是否被入侵，查看是否被黑客安装了木马及对系统做了哪些改动。

对常用应用程序的服务端口和提示信息，进行隐藏和伪造，防止黑客利用扫描工具来获取服务器信息。

对服务器操作系统打上最新的补丁，合理的配置和安装常用的应用软件(比如防火墙、杀毒软件、数据库等)，并将服务器的软件更新为安全、稳定、兼容性好的版本。

对服务器操作系统进行合理配置和优化，注销掉不必要的系统组件，停掉不必要的危险的服务、禁用危险的端口，通过运行最小的服务以达到最大的安全性。

降低SQL数据库、SERV-U FTP等应用软件服务的运行权限，删除MSSQL数据库不必要的、危险的存储过程，防止黑客利用漏洞来进一步入侵和提升权限，并通过有效的设置，防止未知的溢出攻击。

合理的配置权限，每个站点均配置独立的internet来宾帐号，限制internet来宾帐号的访问权限，只允许其可以读取和执行运行网站所需要的程序，只对甲方站点的网站目录有读取和写入权限，禁止访问其它目录，并限制其执行危险的命令，这样就算黑客有办法上传了木马程序到甲方网站目录，也无法执行，更不会对系统造成危害。